De acuerdo al Capítulo VI, Artículo 23 de los Estatutos del Partido del Trabajo, en su estructura cuenta con las siguientes instancias de Dirección.
I. De carácter nacional:
a) Congreso Nacional.
b) Consejo Político Nacional.
c) Comisión Ejecutiva Nacional.
d) Comisión Coordinadora Nacional.
e) Comisionado Político Nacional.
Otros órganos de cáracter nacional del Partido del Trabajo son:
a) Comisión Nacional de Contraloría y Fiscalización.
b) Comisión Nacional de Garantías, Justicia y Controversias .
II.- Órganos de dirección Estatal:
a) Congreso Estatal.
Es el órgano máximo de dirección y decisión del Partido del Trabajo en el Estado de Puebla. Sus acuerdos y resoluciones, son obligatorios para todas sus instancias de dirección, militantes y afiliados. Subordinado a los Órganos de Dirección Nacional.
Lo integran: La Comisión Ejecutiva Estatal, La Comisión Coordinadora Estatal, La Comisión Estatal de Contraloría y Fiscalización y La Comisión Estatal de Garantías, Justicia y Controversias. Legisladores federales y estatales del PT. Así como Comisionados Políticos Nacionales Adscritos. Presidentes Municipales acreditados conforme a la convocatoria respectiva, Representantes estatales ante los órganos electorales y Delegados electos en los Congresos Municipales o delegados electos en la Comisión Ejecutiva Municipal.
b) Consejo Político Estatal.
Es el órgano máximo de dirección y decisión del Partido del Trabajo entre Congreso y Congreso. Se reune ordinariamente cada seis meses convocándose con siete días naturales de anticipación; y de manera extraordinaria cada vez que se considere necesario, convocándose con tres días naturales de antelación.
El Consejo Político Estatal se integra por: La Comisión Ejecutiva Estatal, la Comisión Coordinadora Estatal. Comisionados Políticos Nacionales Designados, la Comisión de Contraloría y Fiscalización Estatal, Los legisladores federales y locales, Presidentes Municipales, todos ellos militantes activos del Partido del Trabajo. Los representantes estatales del Partido del Trabajo ante los Órganos electorales locales. Los Delegados de cada Municipio, en el número que se determine en la convocatoria respectiva, de conformidad con el Dictamen que para tal efecto apruebe la Comisión Ejecutiva Estatal y emita la Comisión Coordinadora Estatal.
c) Comisión Ejecutiva Estatal.
Es el órgano ejecutivo, con carácter colectivo y permanente del Partido del Trabajo, entre sesión y sesión del Consejo Político Estatal. Su funcionamiento es colegiado y combina la dirección colectiva con la responsabilidad individual. Sesiona ordinariamente una vez a la semana y en forma extraordinaria cuando se considera necesario. La Comisión Ejecutiva Estatal es electa en cada Congreso Estatalordinario, en el número que éste acuerda y para el desarrollo de su trabajo cuenta con las siguientes comisiones:
Organización. Movimientos Sociales. Asuntos Electorales. Comunicación Social. Prensa y Propaganda. Formación Ideológica. Finanzas y Patrimonio. Asuntos Municipales.
d) Comisión Coordinadora Estatal.
Se integró con siete miembros electos en el último Congreso Estatal ordinario y es la representación política y legal del Partido del Trabajo y de su dirección Estatal. Ejercen la representación política y legal del Partido del Trabajo en todo tipo de asuntos de carácter judicial, político, electoral, administrativo, patrimonial y para delegar poderes y/o establecer convenios en los marcos de la legislación vigente.
e) Comisionado Político Nacional, en su caso.
Son representantes de la Comisión Ejecutiva Nacional para las diferentes tareas que se les asigna. Sus actividades están subordinadas a la Comisión Coordinadora Nacional, la Comisión Ejecutiva Nacional y el Consejo Político Nacional.
Otros órganos de dirección Estatal:
a) Comisión de Contraloría y Fiscalización Estatal.
La Comisión de Contraloría y Fiscalización Estatal es de carácter permanente y estará integrada por tres miembros y sus respectivos suplentes, que no sean integrantes de la Comisión Ejecutiva Estatal, y que serán nombrados por el Congreso Estatal y durarán en su encargo hasta el siguiente Congreso Estatal.
La Comisión de Contraloría y Fiscalización Estatal tendrá las más amplias facultades de fiscalización y revisión de la información financiera de la Comisión de Finanzas y Patrimonio, de los tesoreros, Estatales y Municipal del Partido del Trabajo, de las finanzas de la fracción parlamentaria estatal y de todo Órgano Estatal y Municipal que maneje fondos o bienes del Partido del Trabajo. Podrá ordenar auditorías internas y externas y proponer a la Comisión Ejecutiva Estatal las medidas para perfeccionar los métodos y sistemas de control que considere convenientes.
b) Comisión de Garantías, Justicia y Controversias. Estatal.
La Comisión de Garantías, Justicia y Controversias Estatal, es de carácter permanente y contará con autonomía para emitir sus resoluciones. Estará integrada por once miembros electos por el Congreso Estatal y duran en su encargo hasta el próximo Congreso Estatal.
Entre sus facultades se encuentra la de proteger los derechos de los militantes y afiliados consignados en los artículos 15 y 17 así como garantizar el cumplimiento de los Estatutos y atender los conflictos cotidianos en el Estado de Puebla.
III.- Órganos de dirección Municipal y Delegacional:
a) Congreso Municipal o Delegacional.
b) Consejo Político Municipal o Delegacional.
c) Comisión Ejecutiva Municipal o Delegacional.
d) Comisión Coordinadora Municipal o Delegacional.
e) Organismos del Partido del Trabajo en las comunidades y en las organizaciones sociales.
f) Comisionados Políticos Nacionales, en su caso.